Früher gab es zwei basale Gruppen der Echten Pilze, nämlich die Jochpilze (Zygomycota) und die Chytridpilze (Chytridiomycota). Sie unterscheiden sich von den Basidio- und Ascomycota durch das Fehlen von dikaryotischen Entwicklungsstadien. Schlüsselmerkmale der Jochpilze sind Hyphen mit nur wenigen Septen sowie Zygosporen, die im Anschluss an eine Gametangiogamie entstehen. Chytridpilze zeichnen sich aus durch begeißelte Zellen, die aktiv im Wasser schwimmen können. Inzwischen wurden die ehemaligen Jochpilze aufgespalten in die Jochpilze im engeren Sinne (Mucoromycota), die Arbuskulären Mykorrhizapilze (Glomeromycota) und die Gruppe der Fliegentöter (Entomophthoromycota), neben weiteren kleineren Gruppen. Ehemalige Vertreter der Chytridpilze gehören systematisch aktuell nur teilweise zu den Chytridiomycota, andere bilden die Abteilung der Blastocladiomycota und weitere kleinere Gruppen.