Karls Bruder Ferdinand wurde, weil sich die Zustimmung der Kurfürsten zum Übergang der Kaiserwürde verzögerte, erst am 14. März 1558 in Frankfurt zum Kaiser bestimmt. Papst Paul IV. versagte dem Wahlakt die Bestätigung, da daran lutherische Kurfürsten mitgewirkt hatten. Wenn man dem seitens des neuen Reichsoberhaupts und der Reichsstände auch praktisch keine Bedeutung mehr beimaß, manifestierte sich darin nur allzu deutlich die weitgehende Entflechtung von Kaiser- und Papsttum. Zwar enthielt die Wahlkapitulation Ferdinands noch immer eine allgemeine Schutzzusage für den Papst, verpflichtete den künftigen Kaiser aber zugleich auf den Religionsfrieden. Ferdinand I., der neue Kaiser (bis 1564), agierte vorsichtiger als sein Vorgänger; zeigte sich gegenüber den Reichsständen deutlich kompromissbereiter. Seine Hausmacht bildeten die österreichischen Erbländer, Böhmen und das Königreich Ungarn. Er stützte sich ansonsten auf Einungen (→ Rdnr. 35), wie den 1554 gegründeten überkonfessionellen Heidelberger Verein und den seit 1556 neben dem protestantischen Nürnberg viele katholische Stände im Süden einbindende Landsberger Bund, ohne deshalb – wie sein Vorgänger – die bestehenden Reichsstrukturen in Frage stellen zu wollen.