Bei fragmentierten Verschlüsselungen (auch fraktioniert genannt, englisch: fractionated) wird ein Klartextbuchstabe zunächst eindeutig durch zwei oder mehr Geheimtextbuchstaben oder Zahlen ersetzt. Im Unterschied zu normalen Substitutionen werden die sich ergebenden Zeichen aber in mehrere Teile zerlegt, um dann mit anderen Buchstabenfragmenten weiterverarbeitet zu werden.