Anton Werkgartner studierte Medizin und habilitierte sich 1927 im Fach Gerichtsmedizin. 1936 trat er der NSDAP sowie SA bei. Nach dem Anschluss wurde er zum kommissarischen Leiter des Instituts für Gerichtliche Medizin an der Universität Wien und 1939 als außerordentlicher Professor an die Universität Graz berufen. Als überzeugter Nazi war Werkgartner ein einflussreicher Propagandist der NS-Ideologie. Nach dem Krieg wurde er aus seinen Ämtern entlassen. Doch bereits 1952 war er wieder Professor und Direktor des Gerichtsmedizinischen Instituts der Universität Graz.