Anton Hafferl spezialisierte sich nach seinem Studium in dem Fach Anatomie. 1933 wurde er als Ordinarius für Anatomie an die Universität Graz berufen. Nach dem Anschluss trat er der NSDAP bei. In Graz wurde seine anatomische Sammlung mit etwa 100 Leichen von Gestapo-Opfern versorgt. Einige davon ließ Hafferl bei Kriegsende heimlich verscharren. Obschon er als „belastet“ eingestuft wurde, konnte er schon bald wieder seine alte Position in Graz einnehmen.