Ein System zur Versionsverwaltung hat – neben automatisierten Tests – den größten Einfluss auf die Qualität der Software und wirkt befreiend auf die Entwicklerinnen und Entwickler: Eine beliebige vorherige (funktionierende) Version einer Datei oder des gesamten Projektes lässt sich einfach wiederherstellen, auch große Umbauarbeiten sind so gefahrlos möglich. Für das wissenschaftliche Arbeiten sind Transparenz und Nachvollziehbarkeit unverhandelbare Grundvoraussetzung. Rechnergestützte Arbeit im wissenschaftlichen Kontext ohne eine funktionierende Versionsverwaltung ist keine wissenschaftliche Arbeitsweise. Eine vergleichbare Arbeitsweise würde im Labor meist nicht geduldet und zurecht als unwissenschaftlich angesehen. Erst das Zusammenspiel aus Versionsverwaltungssystem und eindeutigen Versionsnummern (nächstes Kapitel), die dann auch noch automatisch bei jeder Auswertung mitprotokolliert werden, ermöglichen nachvollziehbares wissenschaftliches Arbeiten.