Optimierung von Code zielt auf höhere Ausführungsgeschwindigkeit oder geringeren Ressourcenverbrauch, ohne dabei die Funktionalität zu beeinträchtigen. Gerade im naturwissenschaftlichen Kontext wird diesem Aspekt große Bedeutung beigemessen, obwohl er in den wenigsten Fällen wirklich relevant ist – und dann eine Tiefe und Breite an Wissen und Erfahrung benötigt, die selten gegeben sind. Deshalb lautet das erste Prinzip der Optimierung zurecht: Lass es! Laufzeit und Ressourcenverbrauch sind in den seltensten Fällen ein ernsthaftes Problem, und wenn doch, dann gilt es, die notwendigen Voraussetzungen (umfassende Tests, Versionsverwaltung) und ein strikt systematisches und strukturiertes Vorgehen einzuhalten. Nur wenn die Ausführungsgeschwindigkeit und/oder der Ressourcenverbrauch vor und nach jedem Schritt gemessen und protokolliert werden, ist eine sinnvolle Aussage möglich, ob die Optimierung in die richtige Richtung fortschreitet. Anderenfalls ist das einzige Ergebnis der Optimierung, dessen man sich sicher sein kann, schlechter lesbarer Code.