Eine Beschreibung der chemischen Mittel zum Schutz der Pflanzen vor ihren Schädlingen wäre unvollständig ohne die Erwähnung der Phytoalexine. Dabei handelt es sich um Substanzen mit bakterizider und fungizider Wirkung. Sie werden gebildet, wenn der Bestand der Pflanze gefährdet ist. Es sind Verbindungen, die unmittelbar nach einer Infektion durch Mikroorganismen wie Bakterien oder Pilze von der Pflanze produziert werden, um Ausbreitung, Wachstum oder Vermehrung in der Pflanze zu hemmen. Die chemische Natur vieler dieser Stoffe ist inzwischen geklärt. Es wurde festgestellt, dass sie zu verschiedenen chemischen Klassen und Gruppen gehören. Die meisten von ihnen enthalten alkoholische oder phenolische Gruppen, mit denen sie sich in Form von Glykosiden an Kohlenhydratreste binden. Die Glykosidform der Phytoalexine ist inaktiv, im gesunden Pflanzengewebe sind sie „schlafend“. Wird das Gewebe verletzt, werden spezifische Enzyme (Hydrolasen) aktiviert, die das Phytoalexin aus seinem Kohlenhydratträger freisetzen. Dadurch werden die angreifenden Mikroben oder Pilzhyphen abgetötet. Indem er die Pflanze angreift, öffnet der Krankheitserreger also selbst die Falle, die ihm die Natur „gestellt“ hat. Die Phytoalexine sind die zweite Verteidigungsstufe der Pflanzen. Die erste sind die Phytonzide, die den Schädling aus der Ferne bekämpfen. Wenn sie ihn nicht aufhalten können, erledigen die Phytoalexine die Aufgabe.