In seinen letzten Jahren wurden Ernst Jandls Zusammenbrüche häufiger. Dennoch gab er die Reisen und Auftritte, solo und mit Musikern, nicht auf. 1996 gelang es Klaus Siblewski, seit 1980 sein Lektor bei Luchterhand, aus Mappen mit Manuskripten einen neuen Gedichtband zusammenzustellen: peter und die kuh. Der Germanist Wendelin Schmidt-Dengler leitete den Ankauf von Jandls Schriften- und Tonarchiv durch die Nationalbibliothek ein. In der Kärntner Sprachpädagogin und Schriftstellerin Helga Glantschnig fand Jandl eine Begleiterin, die viele Sorgen Friederike Mayröckers um Ernst teilte. Die Republik hatte schon 1992 eine Wohnung angekauft, als in der Zentagasse der Dachboden über Friederike Mayröckers Etage ausgebaut wurde. 1999 zog Jandl dort ein, weil er in der Wohllebengasse nicht mehr die Treppen hochsteigen konnte. Trotz aller Zweifel war er weder aus der SPÖ noch aus der Kirche ausgetreten. Sein Ringen mit Mutters Gott seit seiner Kindheit näherte sich einem Ende in bekennerhafter Gewissheit: „Wer Kunst und Wissenschaft besitzt, der hat auch Religion“, dieses Goethe-Wort ließ er in einer Wahlwerbung für den Wiener Bürgermeister 1996 inserieren. Er starb plötzlich am 9. Juni 2000 im Krankenhaus Rudolfstiftung. Das Testament, das er schon 1977 abgefasst hatte, nannte Friederike Mayröcker als Universalerbin. Sie schrieb ein Requiem auf Ernst und setzte ihr Schreibwerk unter immer mehr Beifall fort.