Die Behandlung von Autoimmunenzephalitis (AIE) variiert je nach Verlauf der Erkrankung, wobei akute und chronische Formen unterschieden werden. Akute Verläufe, wie bei der Anti-NMDA-Rezeptor-Enzephalitis, erfordern eine schnelle Intensivbehandlung, oft mit Beatmung und symptomatischer Therapie. Ein frühzeitiges Erkennen und Eingreifen ist entscheidend, da unbehandelte Fälle zu schweren Komplikationen führen können. Chronische Varianten, wie die Anti-LGI1-Enzephalitis, werden häufig erst nach längeren Symptomen erkannt und beginnen oft schleichend. Die neurologische Rehabilitation spielt eine zentrale Rolle in der Genesung, mit Phasen von intensiver Frührehabilitation bis hin zur beruflichen Wiedereingliederung. Die Finanzierung der Reha hängt von der Phase und der Berufstätigkeit des Patienten ab. Rückfälle treten in 10–35 % der Fälle auf und erfordern eine erneute Diagnostik und Behandlung.