1819, Schönleins erstes Jahr als Professor, war kein gutes Jahr für die deutschen Universitäten. Schon seit dem Ende der napoleonischen Herrschaft gärte es unter den Studenten. Viele hatten als Freiwillige an den „Befreiungskriegen“ gegen die Franzosen teilgenommen und danach einen von den alten Fesseln befreiten deutschen Nationalstaat herbeigesehnt. Doch diese Hoffnungen waren durch den Wiener Kongress zerstört worden. Deutschland blieb in zahlreiche Einzelstaaten aufgesplittert und provinziell. Paris allein war größer als die zwölf größten Städte Deutschlands zusammengenommen. Es herrschte in vielen Regionen ein Klima politischer Repression und Bespitzelung. So wuchs unter gebildeten jungen Männern der Wunsch nach geistiger Erneuerung der deutschen Nation, Errichtung eines gesamtdeutschen Staates mit eigenem Reichsgebiet und rechtsstaatlicher Verfassung, vor allem aber nach einem Ende der Unterdrückung. An vielen Universitäten wurden Burschenschaften gegründet, um diese Ziele gemeinsam zu verfolgen. Im Oktober 1817 trafen sich Studentendelegationen von zwölf Universitäten auf der Wartburg in Thüringen. Insgesamt waren es etwa 500 Studenten und vier Professoren; einer davon war Schönleins Jenaer Freund Lorenz Oken. Alle waren in altdeutsche Tracht gekleidet, hielten mitreißende Reden, sangen patriotische Lieder und entzündeten ein großes Feuer, in dem symbolisch der „Code Napoléon“ und andere Bücher verbrannt wurden – und das war es eigentlich auch schon. Doch die Regierungen in vielen deutschen Teilstaaten reagierten panisch und verstärkten aus Angst vor revolutionären Aktionen eher noch den Druck.