Die entscheidenden Momente in Schönleins Universitätskarriere decken sich chronologisch mit den Schlüsselereignissen der deutschen Demokratiegeschichte im Vormärz. Er erhielt 1817 seine Ernennung zum Privatdozenten zeitgleich mit dem Wartburgfest, und zu Beginn seiner Tätigkeit lastete auf ihm die Bürde der Karlsbader Beschlüsse. Seine Entlassung 1832 war eine unmittelbare Konsequenz der Feste in Hambach und Gaibach, und während des Frankfurter Wachensturms im darauffolgenden Jahr saß er, wie wir heute wissen, buchstäblich in der ersten Reihe. Die Erfahrungen im Schweizer Exil machte Schönlein gemeinsam mit anderen republikanisch gesinnten Deutschen, bis der Züriputsch 1839 sowohl dem dortigen Liberalismus als auch dem Aufenthalt des beliebten Professors ein Ende setzte. Oft wurden seine beruflichen Veränderungen begleitet von Aufruhr und Pistolenschüssen.