Einen Tag nachdem er den Ruf nach Berlin angenommen hatte, bat Schönlein den Züricher Regierungsrat um seine „Entlassung von den Funktionen an der hiesigen Hochschule und am Kantonsspitale“. Doch so einfach wollten die Schweizer den „Leuchtturm“ ihrer Medizinischen Fakultät nicht ziehen lassen. Immerhin stand der Krankenhausneubau kurz vor der Vollendung, an dessen Konzeption und Ausführung er einen ganz wesentlichen Anteil hatte. Es wurde ihm mitgeteilt, das Entlassungsgesuch könnte so lange nicht bewilligt werden, „bis das neue Cantonsspital in seiner inneren Einrichtung vollendet und die neue Anstalt völlig ins Leben getreten seyn wird“. Es war eine Pattsituation. Die Berliner warteten dringend auf die Ankunft des neuen Professors zum Beginn des nächsten Wintersemesters, und in Zürich entband man ihn nicht von seinen Verpflichtungen.