Flüssigkeiten werden durch die Kohäsion eine Zeit lang zusammengehalten, aber bei einer Temperatur oberhalb des absoluten Nullpunktes werden nach ausreichend langer Zeit die Flüssigkeiten verdampfen und das entstehende Gas wird sich ebenfalls stetig verdünnen. Der einfachste Weg, um den Raum zu begrenzen ist die Einführung einer sogenannten Simulationsbox. Deren Volumen kann sich im Verlauf der Rechnung ändern, etwa wenn der Druck konstant gehalten werden soll, aber zu keinem Zeitpunkt können Atome oder Moleküle die Simulationsbox verlassen. Dazu können zwei verschiedene Konzepte verwendet werden: Reflektierende Wände und periodische Randbedingungen.