Als klassische Molekulardynamik (MD), oft auch als Moleküldynamik, wird eine computergestützte Methode bezeichnet, die die Wechselwirkungen zwischen Atomen und Molekülen durch empirische Potentiale beschreibt und die Dynamik dieser Teilchen durch eine Diskretisierung der Newtonschen Mechanik berechnet. Klassische MD-Simulationen grenzen sich gegenüber Ab-initio-MD-Simulationen dadurch ab, dass in der klassischen Simulation die Elektronen nur implizit durch die empirischen PotentialePotentialempirisches der Atome berücksichtigt werden, wohingegen sie in einer Ab-initio-Simulation durch eine elektronische WellenfunktionWellenfunktion beschrieben werden. Von einer Monte-Carlo-SimulationMonte-Carlo-Simulation (MC) unterscheiden sich MD-Simulationen durch ihre zeitliche Dimension: Während bei einer MC-Simulation die Folge der simulierten Zustände zufällig sein kann, sind von einer MD-Simulation erzeugte TrajektorienTrajektorie stark korreliert und beschreiben die Dynamik des untersuchten Systems.