Da die Mukosa des Rektums ein relativ uniformes Erscheinungsbild der Entzündung auf diverse Noxen zeigt, muss eine rationale Diagnostik zur Klärung der Genese der Proktitis erfolgen. Unabdingbar ist eine exakte Anamneseerhebung, welche Vorerkrankungen, Voroperationen, Vorbehandlungen, das Verhalten bei der Defäkation, eine Medikamenteneinnahme und -anwendung sowie eine Sexualanamnese beinhalten sollte. Neben der Inspektion des Anus, der Palpation und Proktoskopie sollte zur weiteren Klärung mindestens eine starre endoskopische Untersuchung des Rektums oder eine flexible Sigmoidoskopie erfolgen. Hierbei kann ggf. bereits eine Histologie entnommen werden. Eine Stuhluntersuchung auf pathogene Keime schließt sich an. Bei Hinweisen in der Sexualanamnese oder bei ungeklärter Genese sollte die Diagnostik primär durch die Mikrobiologie und ggf. Serologie ergänzt werden.