Der direkte oder indirekte Kontakt von Immunzellen mit Mikroben und anderen Molekülen, die als Antigene wirken, bewirkt eine starke Genaktivierung – oft intensiver als in jedem anderen Gewebe oder Zelltyp des Körpers. Diese Reaktion ist notwendig, da sich Bakterien wesentlich schneller vermehren als menschliche Zellen und weil sie eine unmittelbare Bedrohung darstellen können. Die Stärke und Spezifität der Immunantwort, wie sie beispielsweise von verschiedenen Makrophagenpopulationen ausgeht, hängt von der epigenetischen Programmierung der Zellen ab.