Bei der selbstständigen Durchführung der Funktionsdiagnostik trägt die MFA eine große Verantwortung. Die häufigsten Funktionsprüfungen sind ton- und sprachaudiometrische Hörprüfungen, dazu objektive Hördiagnostik mit Impedanzaudiometrie, otoakustischen Emissionen und akustisch evozierten Potenzialen. Auch die Gleichgewichtsdiagnostik unter Anwendung der Videookulografie ist ein Tätigkeitsschwerpunkt der MFA. Außerdem führt sie Allergietests, Luftströmungsmessungen der Nase, Riech- und Schmeckprüfungen durch. In vielen HNO-Praxen stellt die Abklärung von schlafbezogene Atemstörungen einen Schwerpunkt dar. Die MFA ist für die Einweisung der Patienten in die kardiorespiratorische Untersuchung im Schlaf zuständig.