Die Diagnose einer chronisch entzündlichen Darmerkrankung gleicht einem Puzzle. Zuerst werden im ärztlichen Gespräch die Beschwerden seitens des Magen-Darm-Traktes, wie z. B. Durchfall, Bauchschmerzen oder Blut im Stuhl erfragt. Es erfolgt eine ausführliche körperliche Untersuchung. Wenn sich daraus weitere Verdachtsmomente für das mögliche Vorliegen einer CED ergeben, folgen weitere Untersuchungen. Ganz besondere Bedeutung hat die Bestimmung der Entzündungswerte im Stuhl, Calprotectin oder Laktoferrin. Sie können sehr gut eine Entzündung der Darmschleimhaut anzeigen. Liegt eine CED vor, sind diese Messwerte typischerweise erhöht. Auch im Blut können durch die Bestimmung des Blutbildes und anderer Entzündungswerte weitere Hinweise für das Vorliegen eines Morbus Crohn oder einer Colitis ulcerosa gewonnen werden. Bei Kindern und Jugendlichen ist insbesondere die Ultraschalldiagnostik geeignet, um den Darm in Bildern darzustellen und zu untersuchen. Eine Kernspintomographie, also eine „Röhrenuntersuchung“ in einem großen medizinischen Gerät, ist eine weitere Methode, um viele und genaue Bilder des Magen-Darm-Trakts zu erstellen. Ganz entscheidend für die Diagnosestellung der CED ist auch bei Kindern und Jugendlichen die Spiegelung (Endoskopie) des oberen und des unteren Magen-Darm-Traktes. Dabei wird die Darmschleimhaut durch die Untersucher*in beurteilt, zusätzlich werden Proben für die mikroskopische Untersuchung gewonnen. Aus der Zusammenschau aller Untersuchungsergebnisse wird dann beurteilt, ob tatsächlich eine CED vorliegt.