Oftmals vergeht für die Betroffenen eine lange Zeit, bevor die Diagnose einer chronisch entzündlichen Darmerkrankung (CED) gestellt wird. Die Diagnosestellung basiert auf mehreren Bausteinen und sollte eine gründliche Erhebung der Krankengeschichte und der Beschwerden sowie eine Kombination aus verschiedenen Untersuchungsmethoden umfassen. Hierbei spielt die Endoskopie des Verdauungstraktes eine zentrale Rolle. Bei Diagnosestellung sollte auch mittels einer Magenspiegelung untersucht werden, ob ein Befall des oberen Verdauungstraktes beim Morbus Crohn vorliegt. Im weiteren Verlauf reicht meist die Durchführung einer Darmspiegelung mit Entnahme von Proben zur feingeweblichen bzw. mikroskopischen Untersuchung. Die endoskopischen Methoden werden durch eine Ultraschalluntersuchung des Bauches und des Darmes ergänzt. Beim Verdacht auf das Vorliegen eines Morbus Crohn sollte zur Beurteilung des Dünndarmes auch eine MRT-Untersuchung des Dünndarmes erfolgen. Laboruntersuchungen spielen eher eine untergeordnete Rolle, zumal es keinen spezifischen Laborwert gibt, der auf das Vorliegen einer CED hinweist. Hingegen nimmt die Bestimmung des Stuhlmarkers Calprotectin oder Laktoferrin eine wichtige Rolle ein, da diese beiden Parameter relativ zuverlässig eine Entzündungsaktivität im Darm anzeigen, allerdings auch nicht spezifisch für eine CED sind.