Die dreidimensionale Endosonografie bietet sowohl im Bereich des Beckenbodens als auch des Anorektums zahlreiche Einsatzmöglichkeiten. Sie eignet sich hervorragend zur Detektion von Analfisteln, Abszessen, Schließmuskeldefekten und analen Raumforderungen. Im Rektum leistet sie gute Dienste bei der Beurteilung und Nachverfolgung von Rektumkarzinomen. Am Beckenboden vermag sie den Nachweis von Rektozelen, Zystozelen, Enterozelen, Intussuszeptionen sowie Koordinationsstörungen zu liefern. Dabei kommen verschiedene Techniken (transperineal, transanal, transvaginal) zum Einsatz. Um aussagekräftige Ultraschallbilder zu erhalten, muss der Untersucher einige Regeln beachten, wie z. B. Parametereinstellungen am Gerät, Sondenvorbereitung oder die Untersuchungsposition. Diese sind beim Ultraschall des Analkanals anders als bei der Untersuchung des Rektums oder des Beckenbodens. Durch Einsatz von neuen Messverfahren steigt die Objektivität, wogegen die Untersucherabhängigkeit gesenkt wird.