Im Schlaf sind wichtige physiologische Mechanismen des Verdauungstrakts anders reguliert als im Wachzustand. Dabei überlagern Mechanismen des zirkadianen Rhythmus den Schlaf-Wach-Rhythmus. Bestimmte physiologische Besonderheiten im Schlaf können bei entsprechender Prädisposition Krankheitsprozesse hervorrufen oder unterstützen. Im Schlaf erreicht die Magensäureproduktion ein Maximum. Gleichzeitig sind wichtige Clearance-Mechanismen von Säure, die in den Ösophagus zurückfließt so verändert, dass die Kontaktzeit zur Ösophagusschleimhaut deutlich verlängert ist. Im Schlaf ist der Tonus des oberen Ösophagussphinkters herabgesetzt. Dadurch kann ein laryngopharyngealer Reflux auftreten, der Magensäure in den Rachenraum und in das Bronchialsystem der Lunge spült und so Schäden hervorruft. Besonderheiten der Säureproduktion und der Magenmotorik im Schlaf sind wichtig für die Pathogenese und die Therapie der Ulkuskrankheit.