Jedes System besteht aus mehreren Komponenten. Das Immunsystem setzt sich aus den Zelltypen zusammen, die wir gerade kennengelernt haben, und aus der Infrastruktur, wenn man so will, die eine wichtige Bedeutung für die Funktion der Immunzellen innehat. Vor allem die Begegnung und Aktivierung der T- und B-Zellen mit und durch die APZ erfordert eine spezialisierte Umgebung, in der alle ablenkenden Zellen der Gewebe und Organe abwesend sind. Dies wird vor allem durch die Lymphknoten gewährleistet, die die Lymphgefäße in regelmäßigen Abständen unterbrechen. Daneben kommen weitere Strukturen wie die Peyer-Plaques oder Tonsillen vor, die sehr starke Ähnlichkeit mit den Lymphknoten haben. Als Organe mit herausragender Bedeutung für die Immunologie des Körpers werden noch die Milz, der Darm und die Leber etwas genauer beschrieben.