Zum 31. Dezember 2000 war das Bundesamt für Zivilschutz mit dem Gesetz zur Sanierung des Bundeshaushalts aufgelöst und sein Aufgabenspektrum an das Bundesverwaltungsamt übertragen worden. Für die Aufgabenerfüllung war nun die neue Abteilung V, die „Zentralstelle für Zivilschutz“, verantwortlich, die als Außenstelle in denselben Räumlichkeiten des einstigen BZS agierte. Kurz nach der Verwaltungsreform wendete sich die Situation des Bevölkerungsschutzes auf Bundesebene mit den Terroranschlägen vom 11. September 2001 (verstärkt durch die Hochwasserkatastrophe 2002) allerdings so diametral, dass im Jahr nach der Auflösung des Bundesamtes für Zivilschutz bereits die Gründung einer neuen eigens für Bevölkerungsschutz zuständigen Bundesoberbehörde entschieden wurde.