Da NPOs einen gemeinnützigen Zweck verfolgen und damit grundsätzlich gesellschaftliche Themen betreffen, stützen sie ihre Aktivitäten unweigerlich auf ein bestimmtes Wertesystem. Dies kann sich aus der Geschichte der NPO, ihrer Gründerperson, einem Bezug zu einem bestimmten Wertekanon oder anderen Einflussfaktoren ergeben. Die Herausforderung im Zusammenhang mit Werten ist, dass sie sich im Lauf der Zeit wandeln und sich die Wahrnehmung in der Gesellschaft ändern kann. Es ist die Aufgabe der Führungskräfte in einer NPO, die Werteorientierung der NPO immer wieder neu zu überprüfen.