Maurice Fréchet wurde als viertes von sechs Kindern einer evangelischen Familie in Maligny in Burgund geboren. Sein Vater leitete dort das evangelische Waisenhaus. Später wurde er zum Direktor einer evangelischen Schule in Paris berufen, konnte aber diese Aufgabe nur kurz wahrnehmen, da zwischen 1880 und 1885 das französische Schulsystem im republikanischen Sinne reformiert wurde.