Die bis dato erfolgreiche Tätigkeit der IBU nahm mit dem Ausbruch des Zweiten Weltkrieges ihr Ende. Sie geriet unter die deutsche und damit nationalsozialistische Kontrolle: Das technische Zentrum in Brüssel blieb während des Krieges in Betrieb und diente der deutschen Wehrmacht unter anderem als Abhörstation für die Funktätigkeit der Alliierten. Nach dem Kriegsende bestand die IBU zwar immer noch, galt jedoch aufgrund der Kooperation mit dem NS-Regime als diskreditiert und genoss kein Vertrauen mehr seitens der europäischen Länder und vor allem der Sowjetunion, die vehement auf die Auflösung der IBU drängte.