Die Titularprofessur im Jahr 1899 und die Prähistorische Sammlung (1899–1906)

Die Dozentur war für Moritz Hoernes nur der erste Schritt, um das Fach Prähistorische Archäologie an der Universität zu verankern. Er sah eine vollständige Etablierung erst mit der Einrichtung einer Professur. Eine tatkräftige Unterstützung für dieses Vorhaben erhielt Hoernes von Otto Benndorf, dem Ordinarius für Klassische Archäologie an der Universität Wien. Dieser schätzte die gute Zusammenarbeit mit ihm und trat aus Überzeugung für ein selbständige Disziplin Urgeschichte ein. Ein Briefwechsel mit Hoernes im Juli 1897 lässt sein diesbezügliches Engagement gut erkennen. In einem Antwortschreiben von Hoernes an Benndorf vom 6. Juli heißt es: „Hochverehrter Herr Hofrath ! In der Anlage beehre ich mich, die verlangten Daten zu liefern… Indem ich für die Aufschlüsse, welche Herr Hofrath mir vertraulich zu geben hatten, sowie insbesondere für die wohlwollenden und hoffnungsvollen Absichten von Herzen danke, verbleibe ich in größter Verehrung Ihr gehorsamst ergebener M.Hoernes“.