Vollständige Shotgun-DNA-Metagenomik

Gesamt-DNA-Metagenomik beinhaltet die Sequenzierung der gesamten in einer Probe enthaltenen DNA, gefolgt von Assemblierung, Annotation und Zuordnung der Sequenzinformationen zu Organismen und Funktion. Bei der Assemblierung von DNA-Sequenz-Reads wird versucht, Genomfragmente zu Entwurfsgenomen zu rekonstruieren. Die bioinformatischen Pipelines Mothur und QIIME, die in Kap. 8 für die Analyse von 16S-rRNA-Amplicon-Sequenzen vorgestellt wurden, können auch für die Gesamt-DNA-Metagenomik verwendet werden. Der Schwerpunkt in diesem Kapitel liegt auf MG-RAST, das sowohl die Informationen vorhergesagter Proteine in Metagenomik-Daten für weitere Vorhersagen von Funktionen oder taxonomischen Beziehungen verarbeiten, als auch die 16S-rRNA-Gen-Sequenzinformationen extrahieren und detailliertere taxonomische Informationen aus den spezialisierten Datenbanken SILVA, Greengenes und RDP liefern kann, die in Kap. 8 vorgestellt wurden.