Paarweises Alignment, multiples Alignment und BLAST

Quantitative Vergleiche von Sequenzen können paarweise durchgeführt werden, indem zwei Sequenzen mithilfe von Auslassungen, die Einfügungen oder fehlende Positionen darstellen, und Übereinstimmungen zwischen Nukleotiden oder Aminosäuren zueinander ausgerichtet werden. Paarweise Vergleiche können als umfassendes (global) Alignment ausgeführt werden, wenn die Sequenzen über ihre volle Länge homolog sind, oder als lokale Alignments, wenn eine Sequenz kürzer ist als die andere. Es werden die dynamischen Programmieralgorithmen zur Erstellung von globalen und lokalen Alignments detailliert beschrieben und dafür relevante Computerprogramme empfohlen. Anschließend werden verschiedene Strategien für multiple Alignments erläutert, inklusive der relevanten Computerprogramme. Nach einer detaillierten Vorstellung des Programms BLAST werden entsprechende Anwendungen beschrieben.