Sequenzbasierte Typisierung und Vorhersage der Funktion

Das Kapitel gibt eine Einführung in die populationsgenetischen Mechanismen, die für die Bildung und Erhaltung von Populationen verantwortlich sind. Multilokussequenztypisierung (MLST) wird zur Abgrenzung von Populationen verwendet und hat die molekulare Typisierung revolutioniert, indem sie Informationen liefert, die zwischen verschiedenen Laboren verglichen und in gut gepflegten Datenbanken auf Servern über das Internet analysiert werden können. Der Erfolg von MLST als Konzept hat sich auf der Analyse der gesamten genomischen Sequenz fortgesetzt, wobei die genetischen Informationen von sieben auf Hunderte von Genen erweitert wurden. Der detaillierteste Vergleich zur Rückverfolgung einzelner Stämme wurde auf der Ebene einzelner Nukleotide erhalten. Die Analyse von Einzelnukleotidpolymorphismen (SNP), bei der die Reads aus der Hochdurchsatzsequenzierung mit einer Referenzsequenz verglichen werden, ermöglicht die detaillierteste Analyse. Für bestimmte, hauptsächlich humanpathogene Bakterien wie Escherichia coli und Salmonella enterica, ist eine organismusspezifische Vorhersage in Datenbanken auf dedizierten Servern verfügbar, wo Serotyp, Virulenz, Plasmide, Prophagen, antimikrobielle Resistenzprofile und wgMLST auf Basis der über das Internet hochgeladenen Gesamtgenomsequenz vorhergesagt werden können.