Transkriptomik

Die RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) ist eine Technologie zur Bestimmung der relativen Häufigkeiten von Transkripten. Das primäre Ziel der Analyse der differenziellen Genexpression besteht darin, Unterschiede in den Transkriptmengen zwischen zwei oder mehr Behandlungweisen oder Gruppen quantitativ zu messen. RNA-seq basiert auf Hochdurchsatzsequenzierung, die eine genomweite Erkennung transkribierter Gene ermöglicht. Dafür wird extrahierte RNA in cDNA umgeschrieben, die anschließend mittels einer Next-Generation-Sequencing-Plattform wie Illumina sequenziert wird. Die Sequenzdaten werden durch Sequenzalignment mit annotierten Genen abgeglichen. Daten aus der Sequenzierung werden im FASTQ-Format bereitgestellt. Das Datenmanagement umfasst die Bewertung der Datenqualität, das Alignment der Reads mit einem Referenzgenom und die Normalisierung der Daten, bevor die Analyse der differenziellen Genexpression durchgeführt werden kann. Die Methode birgt noch einige technische Probleme, die auf eine Lösung warten, zum Beispiel hinsichtlich des PCR-Amplifikations-Bias und Verzerrungen bei der Konstruktion der Bibliotheken.